Σε ένα μεγάλο μπολ, χτυπάμε τα αυγά με το ελαιόλαδο και το γιαούρτι μέχρι να ομογενοποιηθούν.

Σε ξεχωριστό μπολ, αναμειγνύουμε το αλεύρι ολικής αλέσεως, το αλεύρι φαρίνα, τη μαγειρική σόδα, το μπέικινγκ πάουντερ, το αλάτι και το μαύρο πιπέρι.

Προσθέτουμε σταδιακά τα στερεά υλικά στο μείγμα των αυγών, ανακατεύοντας απαλά με σύρμα ή σπάτουλα, μέχρι να δημιουργηθεί ένα ομοιογενές και αρκετά παχύρρευστο μείγμα. Δεν ανακατεύουμε υπερβολικά, ώστε τα μάφιν να παραμείνουν αφράτα.

Προσθέτουμε το χαλούμι σε κυβάκια, το τριμμένο τσένταρ, το τριμμένο ένταμ, τη φέτα χοντροτριμμένη ή θρυμματισμένη με τα χέρια και τον ψιλοκομμένο φρέσκο δυόσμο. Ανακατεύουμε απαλά με σπάτουλα, μέχρι να κατανεμηθούν ομοιόμορφα τα τυριά και ο δυόσμος στο μείγμα.

Μοιράζουμε το μείγμα στις 12 χάρτινες θήκες, χρησιμοποιώντας ένα κουτάλι παγωτού ή δύο κουτάλια. Τις γεμίζουμε σχεδόν μέχρι επάνω, καθώς τα μάφιν θα φουσκώσουν κατά το ψήσιμο.

Ψήνουμε στον προθερμασμένο φούρνο στους 180°C στον αέρα για περίπου 20–25 λεπτά, μέχρι να φουσκώσουν, να ροδίσουν καλά στην επιφάνεια και ένα ξυλάκι που θα βυθίσουμε στο κέντρο να βγαίνει σχεδόν καθαρό.

Αφήνουμε τα μάφιν να σταθούν στο ταψί για 5 λεπτά και στη συνέχεια τα μεταφέρουμε σε σχάρα. Τα σερβίρουμε ζεστά ή σε θερμοκρασία δωματίου.