Βάζουμε τα τριμμένα κολοκυθάκια σε ένα σουρωτήρι και πασπαλίζουμε με το αλάτι. Ανακατεύουμε και τα αφήνουμε να κατεβάσουν το νερό τους για μια ώρα περίπου. Τα στραγγίζουμε στρίβοντας τα καλά σε μια πετσέτα, ώστε να φύγει όλο το νερό (το κάνουμε σε 3-4 δόσεις).
Βάζουμε τα στραγγισμένα κολοκυθάκια σε ένα μεγάλο μπολ και τα αναμειγνύουμε με το κρεμμύδι, κρεμμυδάκια, μαϊντανό, άνηθο, δυόσμο, αλεύρι, φέτα και το μισό κεφαλοτύρι. Προσθέτουμε τα αυγά κτυπημένα με το πιπέρι και τη ρίγανη. Ανακατεύουμε καλά.
Παίρνουμε ένα ορθογώνιο σκεύος, διαστάσεων 23 Χ 33 εκ. περίπου, και αλείφουμε τη βάση του με λίγο ελαιόλαδο. Πασπαλίζουμε με τη μισή φρυγανιά πάνκο. Βάζουμε μέσα το μείγμα και το απλώνουμε ομοιόμορφα. Πασπαλίζουμε με το υπόλοιπο τριμμένο κεφαλοτύρι και φρυγανιά πάνκο.
Ψήνουμε στο φούρνο, στους 180 C στον αέρα, για 35-45 λεπτά περίπου μέχρι να πήξει και να ροδοκοκκινίσει.
Για τη σος γιαουρτιού, αναμειγνύουμε όλα τα υλικά σε ένα μπολ. Σερβίρουμε με την κολοκυθόπιτα αφού την κόψουμε σε τετράγωνα.